Le tre navate sono divise da sedici colonne di spoglio che sostengono archi a pieno sesto. All'inizio della navata sinistra si apre la rinascimentale cappella del Crocefisso eretta nel 1568 da Giacomo Protontino. Degno di attenzione è il controsoffitto a cassettoni della navata centrale su cui centralmente si possono notare le statue lignee dell'Assunta e di San Cataldo. Nel pavimento sono visibili brani di mosaico venuti alla luce nel 1844 ed eseguiti da un certo Petroius, tra il  1163-1165, il quale riprendeva il tema iconografico del Volo di Alessandro Magno molto diffuso nelle cattedrali pugliesi.Le navate laterali terminano con due scale che danno sul transetto, su cui si eleva la cupola bizantina restaurata nel 1657 e affrescata nei pennacchi dal Torti nell'ultimo quarto dell'Ottocento. L'altare maggiore commissionato dall'arcivescovo Capecelatro nel 1784 è sormontato da un ciborio voluto dall'arcivescovo Caracciolo nel 1652. Esso è retto da quattro colonne di porfido e presenta sui capitelli quattro statue in marmo raffiguranti gli evangelisti. Dietro l'altare sono collocati il coro ligneo e tre tele di scuola locale del XVIII secolo : l'Assunta, il Riposo durante la fuga in Egitto e l'Adorazione dei Magi.