Alla cripta risalente al X secolo si accede per mezzo di una scalinata. Essa è preceduta da un vestibolo alla cui estremità è addossato un altare. Sopra esso è collocato un bassorilievo in stucco raffigurante la Madonna con il Bambino, opera di scuola fiorentina del secondo Quattrocento. Il succorpo è costituito da tre bracci (il quarto braccio è stato probabilmente distrutto durante la costruzione della cattedrale normanna) ed è coperto da volte a crociera a sesto rialzato su tozze colonne di reimpiego con capitelli a lastra, che suddividono la cripta in navate. Da segnalare gli affreschi risalenti tra fine XIII e XV sec., tra cui il trittico a palinsesto raffigurante San Cataldo, la Maddalena e San Zosimo che somministra la comunione a Santa Maria Egiziaca e il sarcofago del XIII secolo raffigurante sul fronte due angeli che reggono le braccia di un anima in atteggiamento orante.